Notre histoire se passe en 1856, cent ans après la pseudo-découverte du One Piece par les Mugiwara, après la cuisante défaite de la Révolution et les nombreux enchainements d’événements qui ont suivi en 1756. Dans certains livres on parle des pirates de Chapeau de Paille comme des monstres sanguinaires, assoiffés de pouvoir qui auraient flirté avec la dangereuse Révolution dans l'espoir de s'emparer du monde, telle est la version du Gouvernement Mondial. D'autres racontent que ce légendaire équipage aurait atteint le One Piece mais n'en auraient pas profité avant de repartir dans leur village natal. De nombreuses énigmes planent donc autour de cette histoire qui est passée de faits véridiques à un mythe ou une légende : certains remettent même en cause l'existence de ces fameux pirates.

La Révolution menée par Monkey D. Dragon avait comme but culminant d'attaquer Mariejoa, le Quartier Général voire même le cœur de la Marine. En attaquant ce point faible ils avaient prévu de renverser le régime pour en créer un nouveau, juste et libre, où seuls les personnes qui entravent à la liberté des autres pouvaient être punies et où la peine de mort serait mondialement abolie. C'est avec des causes nobles que cette organisation s'est attaquée au puissant Gouvernement Mondial, en 1762. De cette attaque s'en est suivie une cuisante défaite qui les a poussés à se replier. Pendant des dizaines d'années les partisans de la Révolution ont été traqués et assassinés, les réduisant à un nombre minime, démantelant complètement l'organisation. Ceci sans ôter le voile de Justice du Gouvernement.

C'est aussi depuis ces années-là que le Gouvernement s'est endurci. Plus strict, plus farouche, son second but fut de définitivement couler les pirates. Chose qui fut à moitié réussie : près de la moitié des pirates furent exécutés sauvagement, même s'il s'avérait qu'ils n'avaient rien fait de mal. Toute personne prise à prononcer les mots "Pirate" et "Révolutionnaire" pouvait renoncer à la liberté et vivre la fin de sa vie dans une cellule. Malgré tout, les dix Cipher Pol, des cellules secrètes du gouvernement, furent réduits au nombre de six : disparurent le CP1, le CP3, le CP4 et le CP8. Les six secteurs secrets que l'on connait sont : Espionnage, Propagande, Recherches, Armement, Incarcération et le plus secret, le plus dangereux et le plus intimidant de tous : le Secteur Génocide.

Après l'événement majeur d'Impel Down que l'on surnomme "La Mythique Évasion", la Marine pour cacher sa détresse avait décidé de détruire la prison, ses détenus, ses gardes et son erreur par la puissance de deux Busters Call sans prévenir. Une fuite dans les informations permit aux gardes d'Impel Down de se rebeller et d'empêcher la destruction du bâtiment. Profondément trahis ceux-ci ont conservé une haine ardente envers le Gouvernement. C'est ainsi qu'Impel Down est passée du statut de Prison du Gouvernement Mondial à celui d'une Organisation Dictatoriale souhaitant renverser ce-dernier pour imposer un "Régime Tolérance 0", façonnée par encore plus de sang et de souffrances. Quand dans les journaux clandestins paraissent des informations concernant l'avancée de l'Armée d'Impel Down sur Grand Line et les Blues, dans chaque village on entend les cris effrayés de civils désemparés qui prient la Marine de les sauver de cette calamité sanglante.

Enfin, le Baroque Works, jadis sombre organisation dont seul le pouvoir importait aurait récemment refait surface avec comme idéal la "Liberté". Leur principal projet serait donc de délivrer le monde des chaînes de la servitude du Gouvernement Mondial. Après le délaissement de l'Organisation par son instigateur, Crocodile, l'organisme n'avait cessé de perdre de la valeur. Il aurait été repris par un homme alors qu'il ne restait que très peu de fidèles et aurait depuis cessé ses mauvaises actions. Cet homme surnommé "Le Balafré" leur aurait enseigné le vrai sens de la Justice et leur aurait appris ce qu'est la réelle Liberté. Depuis lors le Baroque Works aurait remonté petit à petit la pente en secret jusqu'à la mort du mystérieux homme dont personne ne connaissait l'identité. Récemment les deux héritiers du trône auraient fait resurgir l'organisation et auraient commencé la réalisation de leur rêve. Cependant il y aurait une rumeur prétendant que leur but de Liberté ne serait qu'un voile pittoresque visant à masquer leur objectif de renverser le Gouvernement Mondial et de prendre le pouvoir sur le monde, et surtout sur le précieux et inconnu Shin Sekai. Selon elle le Baroque Works serait divisé en deux parties : ceux dont l'idéal est la Liberté et ceux dont l'idéal est le Pouvoir.

Quant aux chasseurs de primes, ceux-ci n'ont en rien changé. Toujours fidèles à la chasse aux mécréants, certains sont tout aussi dangereux qu'un haut gradé de la Marine.

Alors qu'allez vous choisir ? Serez-vous un Marine sans scrupules ? Un sombre agent du Cipher Pol ? Un cinglé d'Impel Down ? Serez-vous un justicier ou un membre corrompu du Baroque Works ? Ou désirez-vous chasser les malfrats ?